El Museo fue inaugurado el 19 de mayo de 2015 por la entonces presidenta Cristina Fernández de Kirchner y desde su apertura lo han visitado más de 400.000 personas, según consignaron fuentes oficiales.
El acervo de la institución es el resultado de una elaboración colectiva en la que intervinieron diversos actores de la sociedad civil, convocados por la Secretaria de Derechos Humanos de Nación y por los organismos de Derechos Humanos que integran el Espacio Memoria y Derechos Humanos que funciona en el predio donde estuvo la ESMA.
El Museo reconstruye su funcionamiento como centro clandestino en base a los testimonios que constan en los juicios de lesa humanidad y esta característica fue uno de los principales argumentos para sostener su nominación para integrar el Patrimonio Mundial de la Unesco, que pondera "la verdad jurídica, que resulta indispensable para la producción de sentido social y contribuye a la construcción del 'Nunca Más", según se fundamentó al presentar esta candidatura.
