El ataque se produjo una semana después de otro con bomba contra fieles en la ciudad de Kunduz, en el norte del país, también asumido por la milicia del EI-K.
"Según la información proporcionada por nuestros hospitales, 41 personas murieron y unas 70 resultaron heridas", afirmó Hafiz Abdulhai Abbas, funcionario de salud en Kandahar, reportó la agencia de noticias AFP.
"Estamos desbordados, hay demasiados cuerpos y gente herida; necesitamos de manera urgente sangre", agregó.
El vocero talibán, Bilal Karimi, confirmó la explosión y dijo que se estaba realizando una investigación, sin proporcionar más detalles.
Un testigo aseguró que escuchó al menos tres explosiones, una en la puerta principal de la mezquita, otra en el aérea sur y la tercera en el lugar donde los fieles se lavan antes de orar.
"Nos estábamos preparando para la oración cuando oímos disparos; dos personas entraron en la mezquita y dispararon a los guardias, que abrieron fuego; uno de ellos se hizo estallar y después de él, se hicieron estallar otros dos", dijo Sayed Rohullah, un guardia de seguridad de la mezquita.
El EI-K, sin embargo, limitó la acción a dos de sus militantes.
Las explosiones sacudieron la mezquita en el centro de ciudad durante la oración del mediodía del viernes, el día de descanso de la semana para los musulmanes, en el que muchas personas se congregan para rezar.
"Estamos entristecidos al enterarnos de que se produjo una explosión en una mezquita de la hermandad chiita en el primer distrito de la ciudad de Kandahar en la cual un número de nuestros compatriotas fue martirizado y herido", escribió en Twitter el vocero del ministerio del Interior, Qari Sayed Khosti.
El funcionario agregó que las fuerzas especiales del Emirato Islámico (nombre que dan los talibanes a Afganistán) "llegaron al área para determinar la naturaleza del incidente y llevar a los responsables ante la justicia".
Imágenes difundidas en las redes sociales, cuya autenticidad no pudo ser verificada de inmediato, mostraban cuerpos que yacían en el suelo de la mezquita Fatemieh y ambulancias llegadas al lugar.
Hace una semana, el Estado Islámico-Khorasan (EI-K) reivindicó un atentado contra una mezquita chiita de Kunduz que dejó al menos 60 muertos, en el ataque más mortífero perpetrado desde que las tropas estadounidenses abandonaran el país, el 30 de agosto.
El EI-K es rival del movimiento islamista de los talibanes, aunque ambos sean sunitas.
El grupo, que ve a los musulmanes chiítas como apóstatas que merecen la muerte, reivindicó varios atentados mortales en todo el país desde que los talibanes tomaron el poder.
El grupo también apuntó a combatientes talibanes en ataques más pequeños.
Los talibanes, que tienen su propio historial de persecución de los chiitas, regresaron al poder en Afganistán el 15 de agosto y, desde entonces, hicieron de la seguridad su prioridad, después de veinte años de guerra.
Los chiitas representan cerca del 10% de la población afgana. Muchos de ellos son hazaras, un grupo étnico que ha sido perseguido por décadas en el país.
A última hora, el grupo EI-K reivindicó el ataque suicida en un comunicado que publicó en sus canales de Telegram, en el que confirmó que dos yihadistas hicieron detonar bombas en la mezquita mientras los fieles participaban de la oración del mediodía del viernes.
